Museumskomplexet är ett rekonstruerat kraftverk från början av 1900-talet, en tegelstruktur med neoklassisk stuckaturdekoration, i vilken de kristallina former som är karakteristiska för Libeskind är inbäddade. Utifrån läser de som kubiska och långsträckta blå rostfria volymer som sticker ut från byggnadens golv. De har formen av två bokstäver i det hebreiska alfabetet - "hatt" och "jod", som tillsammans utgör mottoet för Libeskinds projekt L'Chaim, som betyder "till liv". De är dock läsbara endast om man tittar på byggnaden ovanifrån, som är otillgänglig för museets genomsnittliga besökare.
I museets lobby är väggen mittemot ingången kantad med markerade lättnadslinjer som bildar ordet "pardes", vilket betyder "Edens trädgård" och också symboliserar de fyra nivåerna av förståelse av Torah. Men detta element i projektet uppfattas också med svårighet på grund av de kraftiga böjningarna i lobbyn.
På huvudområdet - komplexets första nivå - finns också ett auditorium (på taket som en karta över det heliga landet är avbildat abstrakt), ett utbildningscenter och gallerier. På andra våningen finns administrativa lokaler samt en utställningshall med samma namn inskriven i en enorm kub med bokstaven "jod", upplyst genom 36 månghörniga fönster.
Libeskind själv betonar skillnaden mellan byggnaden i San Francisco och hans judiska museer i den gamla världen: den kaliforniska byggnaden har inte stämpeln av förintelsekatastrofen, vilket nödvändigtvis finns i hans europeiska projekt. Ändå har språket i Libeskinds arkitektur förblivit detsamma: de skarpa, brutna linjerna som tidigare symboliserade historisk tragedi bör nu representera "himmelens bås" i en blomstrande judisk diaspora vid Stillahavskusten.
