Byggnaden ligger vid foten av berget som Akropolis ligger på. På grund av webbplatsens särdrag är den orienterad längs öst-västaxeln, men upptar hela sin övre, tredje våningen, är Parthenon Gallery kraftigt utplacerad i förhållande till byggnadens huvudvolym och vetter mot norr. Detta gjorde det inte bara möjligt att delvis lösa problemet med överhettning i heta klimat, men också visuellt kopplade hallen med skulpturerna som en gång prydde fasaderna i det stora templet, med själva Parthenon, som ligger mindre än 300 meter från museet. Den dynamiska effekten av denna lösning fyller byggnaden med energi; i detta kan man se en viss symbolisk betydelse: det verkar vända sig till Akropolis, till det förflutna, vilket motsvarar det politiska budskapet från den grekiska regeringen i den nya byggnaden: låt oss vända tillbaka klockan och föra monumentet tillbaka till dess originalstat (eller åtminstone föra samman alla dess delar som nu är lagrade i London, Paris, Palermo, Rom).
Sådan retorik kunde ha påverkat det arkitektoniska projektet: även efter segern på Chumis version i tävlingen 2001 fanns det många anhängare av den neoklassiska designen av museibyggnaden i Grekland. Men den mycket diskreta volymen av glas, betong och marmor ger en mycket mer diskret bakgrund för en samling skulpturer från den arkaiska perioden till romartiden än någon form av "historiserande" struktur.
På grund av det faktum att resterna av en stadsdel av forntida tider hittades under byggnaden, beslutades att höja den över marken på 100 betongstöd med "gångjärn", vilket skulle mildra vibrationer vid en eventuell jordbävning; vid första anblicken är de ordnade slumpmässigt, men i verkligheten - för att inte skada de arkeologiska fynden. Grunden till forntida hus kan ses genom öppningarna och de glaserade områdena på golvet på museets bottenvåning, där vestibulen och hallarna till tillfälliga utställningar finns. Därifrån går besökaren upp till andra våningen, där alla utställningar visas, förutom Parthenon-skulpturerna, och det finns också en öppen terrass med ett kafé. Tredje våningen med "Parthenon Gallery" är ett rektangulärt glaserat utrymme, i mitten av vilket det finns en betongvolym som upprepar storleken på templets cella. Den berömda frisen med den panathenaiska processionen har återskapats på den från originaldelar och gjutningar.
Den allvarliga atmosfären i "konsttemplet" i museet kommer att fortsätta trots det förväntade stora antalet besökare: bullret kommer att absorberas av de många cirkulära hålen i betongväggarna. Förutom frånvaron av någon dekor har antalet skyltar och etiketter minskats till det minsta som krävs: ingenting ska distrahera från utställningarna. En genomtänkt väg kommer att underlätta inspektionen av samlingen: från de arkeologiska utgrävningarna under byggnaden till den arkaiska skulpturen på andra våningen, sedan till Parthenon Gallery på den tredje och sedan ner till verk av den hellenistiska och Romerska perioder.
