Ombyggnadsprojektet sponsrades av spanjorerna Cruz y Ortiz, utställningen designades av Jean-Michel Wilmotte och restaureringen utfördes av Van Hoogevest Architecten. Arkitekternas uppgift var att anpassa den skrymmande byggnaden i eklekticismens huvudström, byggd 1885 av Petrus (Pierre) Kuypers, för behoven hos ett museum under 2000-talet. Frodiga interiörer distraherade uppmärksamheten från utställningarna, det fanns inte tillräckligt med utrymme för både utställningar och medföljande program, det var omöjligt att ordna den permanenta utställningen enligt ett enda system, och så vidare.
Nu är alla utställningar från 12 till 20-talet ordnade i en strikt kronologisk ordning, av golv från botten till topp, och kronologin stöds av ett färgschema: färgen på väggarna lyser gradvis när den rör sig uppåt och når nästan vitt i hallarna för modern konst. Samtidigt arrangerades alla verken på ett nytt sätt, med undantag för det viktigaste - "Night Watch" av Rembrandt, som återvände till sin tidigare plats i "Hedersgalleriet", där verken från Golden Age of Dutch art visas.
Arkitekterna, enligt det redan etablerade schemat för museumskonstruktion, blockerade två innergårdar med glastak och fördjupade dem också till nivån på -1 våningen och hade tidigare tagit bort de senare förlängningarna som ockuperade dem. Sedan placerade de ett auditorium under den ena innergården och en museumsbutik och ett café under den andra. Gårdarna själva har förvandlats till rymliga allmänna utrymmen som kan nås även utan att köpa en biljett. Deras väggar bildar museets innergårdsfasader och de nya ytorna står inför ljus färgad sten. Antonio Cruz och Antonio Ortiz tog hänsyn till misstaget till Norman Foster, på vars gård på British Museum något ljud är tydligt hörbart och till och med ekar, så i Rijksmuseum dämpas ljud av vita galler med ljudabsorberande material upphängt från taket.
Men det största problemet för arkitekterna var sammanslutningen av de två gårdarna till en enda helhet. Den historiska byggnaden har en gång- och cykelkorridor i mitten av fasaden, vilket möjliggör snabb passage genom byggnaden. Återuppbyggnadsprojektet planerade att förvandla det till huvudingången till museet och förena båda gårdarna, men stadsborna gjorde uppror och nu är korridoren bevarad i sin ursprungliga form, museet kan nås genom fyra små ingångar och en underjordisk passage lades under den, förbinder gårdarna med varandra.
Museet stängdes för återuppbyggnad 2003 och skulle öppnas redan 2008. Den 10-åriga arbetsperioden förklaras av det faktum att titaniska ansträngningar måste göras för att bygga underjordiska nivåer i den vattenfyllda jorden i Amsterdam, och det fanns ingen entreprenör för ett så komplicerat projekt. Arcadis ingenjörer gjorde de nya underjordiska delarna av byggnaden strukturellt oberoende av den historiska strukturen, eftersom den sakta sjunker. Därför har markkorridoren och "Honor Gallery" som ligger ovanför den underjordiska passagen mellan gårdarna nu förvandlats till en "bro" som hänger över den. De grävda groparna fylldes omedelbart med vatten, så de hälldes med speciell betong för undervattensarbete och processen styrdes av dykare.
Projektets budget var 375 miljoner euro, men det inkluderar också byggandet av en separat paviljong av asiatisk konst, placerad i mitten av dammen, anpassningen av parken till en skulpturträdgård av Copijn Landschapsarchitecten-projektet (14 500 m2), byggandet av en serviceingångsbyggnad, rekonstruktionen av den historiska ritningsskolan (Teekenschool) som ett museums utbildningscentrum samt byggandet av en museiverkstadsbyggnad nära Rijksmuseum, slogs samman med en annan Kuypers-byggnad - det tidigare institutet för Yrkessäkerhet och hälsa.
Men renoveringen av museet har ännu inte slutförts: det förblev öppet under hela rekonstruktionen
Philips-flygeln kommer nu att omvandlas till ett modernt tillfälligt utställningsutrymme. Författarna till projektet är också Cruz y Ortiz.
