Naturalis Biodiversity Center är arvingen till Natural History Museum, grundat på order av kung Willem I av Nederländerna 1820. Sedan dess har det genomgått flera omvandlingar, varav den viktigaste hände i början av 2010-talet: Zoological Museum of universitetet i Amsterdam och National Herbarium, en av de största i världen. Som ett resultat har ett utbildnings- och forskningscenter uppstått, vars samling (42 miljoner föremål) är en av de fem största naturvetenskapliga samlingarna på planeten.
Samtidigt ökade populariteten för "Naturalis" bland allmänheten bara, med 400 000 människor där om året, så byggnaden som öppnades 1998 måste omedelbart utvidgas och byggas om. Arkitekterna från Neutelings Riedijk har placerat ett rymligt atrium i mitten som förbinder befintliga förråd och administrativa lokaler med det nya museet och moderna laboratorier för mer än 200 forskare. Institutionens totala yta är 38 000 m2, varav 18 000 m2 återuppbyggnad och 20 000 nybyggnation.
Atriumets fasad är en konkret prydnadskomposition av ovaler och trianglar som påminner om molekylernas struktur. Samma mönster placeras på golven. Inuti är den klädd i röd travertin, blandad med 263 betongpaneler designade av modedesignern Iris van Herpen. Den vita betongen har fått silkens mjukhet för att framkalla de futuristiska van Herpen-klänningarna, och mönstren är inspirerade av objekt från Naturalis-samlingen. Samma randiga struktur finns på byggnadens fasader.
Tillsammans med glittrande kristaller av travertin skapar de vita panelerna intrycket av kontrasterande berglager. Likheten förstärks av den stigliknande avsmalnande vägen genom atriumet - från utställningshallen och laboratorier på marknivå till gallerierna på övervåningen.
Atriumet är också dekorerat med verk av designern Tord Boontje. Vanligtvis hanterar han möbler, lampor och mönstrade tyger, och för Naturalis har han gjort nästan hundra väggpaneler "om naturens underverk", som kombinerar grafiska och fotomotiv.
